Putri Clara sedang mencari lima mutiara pelindung perairan yang hilang. Tanpa adanya mutiara tersebut, kehidupan perairan akan menjadi musnah. Kiko dan teman-temannya memutuskan untuk membantu menemukan seluruh mutiara demi keselamatan laut. Dalam misi ini, Kiko dan teman-teman melewati banyak rintangan dan menghadapi berbagai monster penjaga mutiara.
Pengisi suara dalam film ini tak hanya diisi oleh pengisi suara serial awal yang ada di televisi, namun ada sejumlah pemain baru dari kalangan artis yang menunjukkan bakatnya dalam mengisi suara film animasi seperti Arbani Yasiz, Felicya Angelista dan Robby Purba.
Soundtrack film Kiko In the Deep Sea yang diciptakan oleh Liliana Tanoesoedibjo dinyanyikan secara live oleh penyanyi cilik Romaria. Saksikan film animasi Kiko In the Deep Sea yang akan tayang di seluruh bioskop Indonesia mulai 23 Februari 2023.
